NLM(米国国立医学図書館)

米・アレン人工知能研究所(AI2)・米国国立医学図書館(NLM)等の研究組織が共同して新型コロナウイルスに関する機械可読の研究データセット“CORD-19”を公開する

2020年3月16日、米国大統領府科学技術政策局(OSTP)は、アレン人工知能研究所(Allen Institute for AI:AI2)・Facebook創設者ザッカーバーグ(Mark Zuckerberg)氏と夫人のチャン(Priscilla Chan)氏による慈善団体チャン・ザッカーバーグ・イニシアチブ(CZI)・ジョージタウン大学のCenter for Security and Emerging Technology(CSET)・Microsoft社・米国国立医学図書館(NLM)が共同して、新型コロナウイルスに関する研究データセット“COVID-19 Open Research Dataset(CORD-19)”を公開したことを発表しました。

米国国立医学図書館(NLM)、PubMedのリニューアル版“New PubMed”へ機能追加を実施:検索結果一覧画面の表示項目追加・PubMed形式による文献情報のエクスポートなど

2020年3月16日、米国国立医学図書館(NLM)は、PubMedのリニューアル版“New PubMed”へ機能追加を実施したことを発表しました。

“New PubMed”に対して、以下のような機能追加が実施されています。

・Summary形式の検索結果一覧画面で、文献の全ての著者名など表示される情報を追加
・“Send to”メニューに“Citation Manager”を追加し、現行のPubMedと同様に、多くの文献管理ソフトで利用可能なPubMed形式の文献情報として文献をエクスポートする機能の追加
・文献の保存形式からRIS形式を削除しPubMed形式に置き換え
・Advanced Search Builderの検索履歴・検索詳細欄で、入力された語句をPubMedが変換し実際の検索に使用した構文・検索語をクエリとして表示
・クリップボードに保存した文献を、Advanced Search Builderの検索履歴上で「0番目(#0)の検索」として利用できるように仕様変更

なお、NLMは記事の投稿時点で、2020年春の終わりごろに“New PubMed”が現行のPubMed(Legacy PubMed)に代わって基本システムとして稼働を開始する予定である、としています。

米・国立生物工学情報センター(NCBI)、新型コロナウイルスに関する最新学術文献をキュレーションした情報ハブとして“LitCovid”を公開

2020年3月12日付けのNature誌のVolume 579 Issue 7798の短信(Correspondence)欄で、米国国立医学図書館(NLM)傘下の国立生物工学情報センター(NCBI)計算生物学(Computational Biology)部門に所属するQingyu Chen氏らが、NCBIのウェブサイト内に開設された新型コロナウイルスに関する最新学術文献をキュレーションした情報ハブ“LitCovid”を紹介しています。

LitCovidはNCBIの計算生物学部門で実施された研究の成果であり、NCBI・NLMの上位組織である米国国立衛生研究所(NIH)の所内研究プログラムの支援により開発されました。ウイルスの生態や感染者の診断・管理に関する学術文献から適切な知見を提供することを目的としています。

LitCovidでは、PubMedに収録された1,000件以上の新型コロナウイルスと関連する文献への一元的なアクセス提供などが行われています。また、アクセス改善のために文献情報は毎日更新されており、研究トピックや地理的条件に基づいた、より詳細な文献の分類が進められています。

英・Jiscと米・ロックフェラー大学出版、2年間の“Read and Publish”契約を締結

2020年2月18日、米・ロックフェラー大学出版(Rockefeller University Press:RUP)は、英・Jiscと“Read and Publish”契約を締結したことを発表しました。

契約期間は2020年3月から2022年2月までの2年間で、RUPの発行するハイブリッドジャーナル“Journal of Cell Biology”、“Journal of Experimental Medicine”、“Journal of General Physiology”の3誌が対象となります。契約にオプトインした英国の高等教育研究機関は、公開直後から全てのコンテンツへ無制限にアクセス可能になります。また、契約参加機関に所属する著者は、自身の研究成果をRUPのジャーナルで無制限にCC BYライセンスで即時オープンアクセス(OA)化できると同時に、米国国立医学図書館(NLM)の運営するPubMed Central(PMC)へ直接登録することができます。

プレスリリースによると、米国に拠点を置く大学出版社とJiscとのOA出版モデルへの「転換契約(transitional agreement)」締結は、今回のRUPの事例が初めてとなります。

米国国立医学図書館(NLM)、医学件名標目表(MeSH)の補足用語(Supplementary Concept Record)として“COVID-19(「新型コロナウイルス感染症」)”を追加

2020年2月14日、米国国立医学図書館(NLM)は、同館が整備する医学件名標目表(MeSH)の補足用語(Supplementary Concept Record)として、前日13日に“COVID-19(「新型コロナウイルス感染症」)”を追加したことを発表しました。

これは世界的に感染が拡大している「2019新型コロナウイルス(2019-nCoV)」によって引き起こされる疾患に対して、世界保健機関(WHO)が“Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)”と公式に命名したことに対応するものです。新たに追加された補足用語“COVID-19”は、“Coronavirus Infections(「コロナウイルス感染症」)”と“Pneumonia, Viral(「ウイルス性肺炎」)”の2つの定義語(Descriptors)に対応しています。

米国国立医学図書館(NLM)、同館のオンラインサービスにより「新型コロナウイルス」関連情報の提供を実施:塩基配列データハブ、関連文献の書誌情報一覧、一般向け情報の提供やMeSH補足用語への追加等

2020年1月31日、米国国立医学図書館(NLM)は、同館傘下の国立生物工学情報センター(NCBI)が提供する、注釈付きのDNA情報データのリポジトリGenBank®に収録された「新型コロナウイルス」の塩基配列データへ、迅速・簡便なアクセスが可能となるようにデータハブを提供していることを発表しました。

お知らせの中でGenBank®内の「新型コロナウイルス」に関するデータハブへのリンクが提供されています。NLMは、GenBank®ではこの感染拡大に関するデータの迅速な公開を続けており、新たな塩基配列データの提出も歓迎する、としています。

また、NLMは以下の同館オンラインサービスでも、「新型コロナウイルス」に関する情報を利用可能にしていることを合わせて発表しています。

米国国立衛生研究所(NIH)、データサイエンス・オープンサイエンスに従事する図書館員に必要なスキルセット特定を目的とした2019年4月開催ワークショップの報告書を公開

米国国立衛生研究所(NIH)が2020年1月17日付で、非営利団体Center for Open Science(COS)の提供するオープンソースプレプリントサービスOSF Preprints上に、報告書“Developing the Librarian Workforce for Data Science and Open Science”が公開されました。

同報告書は、2019年4月15日・16日に、NIHの一部門である米国国立医学図書館(NLM)で開催されたデータサイエンス・オープンサイエンスに従事する図書館員に必要なスキルセットの特定を目的としたワークショップについて、その議論や主要テーマを要約したものです。ワークショップにはデータサイエンス・オープンサイエンスに関するサービスを提供する実務者や学術研究の場におけるデータサイエンス・オープンサイエンスの推進に携わる図書館情報学分野の教員等が参加しました。

ワークショップでは、主に次の5つのテーマに関する議論が行われています。

米国国立医学図書館(NLM)、総ページ数4万3,500ページ以上に及ぶ完全なデジタル化を実施した6種類の原稿コレクションを公開

2020年1月17日、米国国立医学図書館(NLM)は、同館のデジタル化資料を公開するウェブサイト“Digital Collections”において、完全なデジタル化の完了した原稿コレクションを公開したことを発表しました。

アーカイブ資料の調査・理解に役立つ詳細な調査ガイドとして、“finding aids”も完備された形で、総ページ数4万3,500ページ以上に及ぶ6種類の原稿コレクションが公開されています。公開された原稿コレクションは以下の6種類です。

・1983年から1994年の後天性免疫不全に関する全国委員会の記録
・ジェームズ・ガーフィールド第20代米国大統領の健康状態に関する1881年の公報
・1818年のメリーランド州ボルチモア北部地域の軍事視察における健康診断の報告書
・米国陸軍外科医助手のマクフェイル(Leonard C. McPhail)による1845年から1939年までの日記
・南北戦争中の1860年から1864年に米国の外科医のレターマン(Jonathan Letterman)が送受信した書簡、及び日記
・1926年における精神障害の先住民のための精神科病院に関する年報と国勢調査

米国国立医学図書館(NLM)、PubMedのリニューアル版“New PubMed”へ機能追加を実施:検索結果一覧画面の表示件数・ソート変更オプションの追加など

2020年1月16日、米国国立医学図書館(NLM)は、PubMedのリニューアル版“New PubMed”へ機能追加を実施したことを発表しました。

“New PubMed”に対して、以下のような機能追加が実施されています。

・検索結果一覧画面のソート順の変更キーとして公開日(Publication Date)が追加される。また、ソート順として昇順・降順の両方が指定可能になる。
・検索結果一覧画面の1ページ当たりの表示件数を10件、20件、50件、100件、200件のいずれかに切り替えることが可能になる。
・ソートキー、1ページ当たりの表示件数、フィルター等の表示設定の変更はブラウザのデータとCookieがクリアされない限り、変更内容が新しい検索でも保持される。
・詳細画面で"See all similar articles"をクリックすると、特定の文献に類似する全ての文献を表示させることが可能になる。
・検索結果一覧画面の年ごとの文献件数の頻度を示したグラフにダウンロードボタンが追加され、年ごとの文献件数をCSVファイル形式でダウンロード可能になる。

Taylor & Francisグループ、学術雑誌で公表された論文と臨床試験データとのリンク形成を実施

2020年1月15日、Taylor & Francisグループは、電子ジャーナルプラットフォーム“Taylor & Francis Online”上に公表された論文と臨床試験データとのリンク形成を実施することを発表しました。

Taylor & Francisグループは医学・医療分野において250タイトル以上の学術雑誌を刊行しており、同分野で公表された論文はしばしば登録済の臨床試験と関連しています。論文と臨床試験とのリンク形成は、著者が登録済の臨床試験の番号を論文内に記載することで、自動的にCrossref及びPubMedへ臨床試験データの登録が実施される形で行われます。これによりPubMedのメタデータの充実とCrossrefの機能を利用した論文と臨床試験との恒久的な関連付けが可能になる、としています。

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